An der Jenaplan-Schule können alle Abschlüsse des Landes Thüringen, also der Hauptschulabschluss, der Realschulabschluss und das Abitur erreicht werden.
Dafür ist jeweils das Ablegen zentraler Prüfungen erforderlich. (An unserer Schule werden seit dem Schuljahr 1994/95 Hauptschulprüfungen, seit 1995/96 Realschulprüfungen und seit 1999/2000 Abiturprüfungen durchgeführt.)
Außerdem können alle Abschlüsse der Förderschule erlangt werden. Die Schüler lernen unabhängig von ihren zukünftigen Abschlüssen ohne äußere Differenzierung gemeinsam in den Gruppen. Mit Beginn des achten Schuljahres werden die Schüler auf abschlussbezogenen Anspruchsebenen unterrichtet. Das heißt, dass Schüler mit dem Ziel Hauptschulabschluss besonders gefördert werden, aber in ihren Stammgruppen und Jahrgangskursen verbleiben. Haben sie die Prüfungen für den Qualifizierenden Hauptschulabschluss erfolgreich gemeistert, können sie im 10. Schuljahr weiter lernen.
Schüler, die das Abitur anstreben, legen in jedem Fall die Prüfungen des Realschulabschlusses ab. Ob sie für das Abitur zugelassen werden, entscheidet sich nach dem 1. Halbjahr des 10. Jahrgangs entsprechend den in Thüringen üblichen Zulassungsbestimmungen.